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美国政府大数据计划出炉:各部门均涉及
奥巴马政府宣布 “大数据的研究和发展计划。”通过提高我们从大型复杂的数字数据集中提取知识和观点的能力,承诺帮助加快在科学与工程中的步伐,加强国家安全,并改变教学研究。
国家人文基金会(NEH)
数据挖掘的挑战旨分析大数据的变化对人文社会科学的影响,在这种新的计算为基础的研究方法都需要搜索,分析和理解大量的材料,如数字化的书籍和报纸数据库,从网络搜索,传感器和手机记录交易数据。在NEH的领导下,这个挑战是由美国和8个国际组织在四个国家中进行。
国家卫生研究院(NIH)
美国国家癌症研究所(NCI)
癌症成像存档(TCIA)是一个图像数据共享服务,促进在医疗成像领域科学的开放。 TCIA的目的,提高了效率和成像癌症的检测和诊断的重复性,利用影像,提供治疗反应的客观评估,并最终进行影像资源的开发,从而提高成像的使用,并对今天的癌症研究和临床实践提供决策支持。
癌症基因组图谱(TCGA)项目进行全面和协调努力,通过包括大规模基因组测序基因组分析技术的应用,以加速癌症的分子基础的认识。 TCGA项目将随着大规模基因组技术的快速发展,到2014年将积累的几个PB的原始数据。
国家心肺和血液研究所(NHLBI)
心血管病研究所的网格(CVRG)和集成数据的分析,匿名共享(iDASH)是两个由NHLBI提供的安全数据存储,整合,资源分析信息源,在尽量减少对用户的负担下,协作支持信息资源共享。 CVRG提供心血管研究社区资源共享的数据和分析工具。 iDASH产生隐私保护技术,发展和培养一个综合的数据共享和分析环境。
国家生物医学成像和生物工程研究所(NIBIB)
由NIBIB研究所主导的互操作性和策划的纳米材料登记的发展和计划,旨在建立纳米材料的注册表,其主要功能是提供表征生物纳米材料、相互作用的环境,以及相关出版物的链接,建模工具,计算结果和对生产指导的一致策划信息。注册表有利于对表征纳米材料,以及生物相互作用的信息建设一致的标准。
为基于
互联网的网络控制病人的医学图像分成合同,解决了通过图像共享模型,测试医院、影像中心和医生行为怎样进行跨企业的文件共享、图像传输和图像报告的可能性。作为一个复杂的生理信号的研究资源,PhysioNet 提供免费网页访问记录生理信号(PhysioBank)和相关的开源软件(PhysioToolkit)大集合。每个月,全世界约45000游客使用PhysioNet,留下约4 TB的数据检索。
影像学信息工具和资源信息中心(NITRC)是NIH的蓝图项目,促使影像信息工具的传播,共享,和演化,通过提供访问、信息和社区互动的论坛数 据,提供影像学数据。。超过450名的软件工具和数据集上NITRC注册;该网站自2007年推出已经有超过30.1万的点击率。
扩展影像学档案工具箱(XNAT)的是一个开放源码的影像信息平台,由华盛顿大学神经信息学研究组开发,并广泛应用于世界各地的研究机构。 XNAT促进共同管理,生产力及品质保证任务的影像和相关数据。
计算解剖学和多维建模的资源有几部分组成。洛杉矶神经影像实验室(LONI)设有数据库包含从从MR、PET、遗传学、行为学、人口统计其其他数据 形式的图像数据。阿尔茨海默氏病影像学倡议(ADNI)是一个收集来自美国各地的收购站点的项目数据的很好的例子,它使得数据匿名,隔离,待质量控制(经 常做立即)和使得它的下载提供世界各地的用户在各种不同的格式。
电脑辅助的功能性神经外科数据库通过方法和技巧,以协助安置和用于治疗帕金森氏症和其他运动障碍的脑深部电刺激器(DBSs)。范德比尔特大学 (VU)与俄亥俄州立大学和维克森林大学合作,通过多个站点的数据,开发了中央数据库。由于不同医院的临床工作流程和立体框架可以有改变,手术规划软件已 经更新并测试成功。
经过十年,国立卫生研究院生物信息科学与技术倡议(BISTI)的联盟已经加入美国国立卫生研究院研究所和中心,以促进在生物信息学和计算生物学 (BICB)的研究,促进了程序发布,并资助了超过十亿美元的研究。此外,NIH促进的合作活动,包括采用现代的数据和软件共享,使研究成果在研究界得到 很好的传播。
国家卫生研究所 蓝图
神经科学信息框架(NIF)是一个基于Web的动态库存神经科学的资源:数据,材料和任何连接到互联网上可以访问的工具。由国家卫生研究院 (NIH)倡议了神经科学研究的蓝图,即NIF主导的进步神经科学研究,通过开源资料、网络环境,使得能够在世界范围内发现和访问公共研究数据和工具。
美国国立卫生研究院的人力Connectome项目雄心勃勃,通过努力,计划在人类大脑功能的基础,并分享有关人类大脑的结构和功能连接的数据映射神经通路。该项目将使我们理解是什么使我们人类能创造出重大进展,并会为未来在许多神经和精神疾病的异常脑回路研究建立一个新阶段。
国家卫生研究所 共同基金
国家生物医学计算中心(NCBC)的计划在生物信息学和计算生物学上成为国家基础设施的一部分。这八个中心创建创新的软件程序和其他工具,使生物医学界能够整合,分析,建模,模拟和共享对人类健康和疾病的数据。
病人报告结果测量信息系统(PROMIS)是一个高度可靠,有效,灵活,准确,反应迅速,措施病人报告健康状况的评估工具系统。核心资源是评估中心,它提供的工具和数据库,以帮助研究人员收集,存储,分析病人的健康状况有关的数据。
全国全科医学科学研究所:
传染病代理研究模型(MIDAS)是一个努力开发计算和分析快速逐渐增长传染病信息的方法,并提供在地方上、州上、国家层面上进行政策模拟的建模结果。而需要在全球范围内收集和整合细粒度的信息,因为公共卫生政策在本地实施,需要进行数据访问、管理、分析和存档。
结构基因组计划通过发现,分析和传播的蛋白质的三维结构,RNA和其他生物大分子结构,展现自然界的多样性,以促进在生物学,农业和
医药的基本认识和应用。全球性的努力,包括美国国立卫生研究院资助的蛋白质结构倡议,传染病结构基因组学中心,在斯德哥尔摩的结构基因组学协会和在日本的理化学研究所系统结构生物学中心。通过努力,由结构生物学知识库在TargetDB主办的中心数据库,协调他们的顺序目标选择。
全球蛋白质数据
银行(wwPDB),是一个收集,归档和高品质的大分子结构数据的库,在这个基础上能及时进行科学界的自由分配,代表在生物学方面的研究和教学实验测定大分子结构信息,和进行生物、生物化工,医药教学的卓越数据源。美国部分的项目 (RCSB PDB)由能源部的五个研究院, NIH/ BER和NSF联合英国和日本的参与者共同出资。单一数据库现在包含为80,000大分子结构的实验结构和相关的注释。该网站收到来自140个不同国家每月211000个的独立访问者。网站每月大约有1 TB的数据转移。
生物医学信息研究网(BIRN),属国内首创,通过数据共享和协作推进生物医学研究,提供了一个用户驱动软件为基础的框架,研究团队之间能够在不同地理和不同类型计算机系统上快速、安全的共享数据,给不同的研究团队服务。
责编:赵龙
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